La gouvernance de l'école est assurée par une équipe de direction constituée du directeur, des deux directeurs adjoints pour les Sciences et pour les Lettres et Sciences humaines, et du directeur général des services. 

Placé sous l’autorité du directeur de l’ENS, le directeur général des services pilote la mission de direction, d’organisation, de fonctionnement et de coordination de l’action de l’ensemble des services administratifs, financiers et techniques de l’établissement. 

Conseil d’administration, Conseil scientifique et commissions participent également à la vie de l'école.

Statuts de l'établissement et règlement intérieur.