Le Conseil d’administration détermine la politique de l’École et vote le budget.

Le Conseil scientifique émet des avis et recommandations sur la politique de recherche et de formation, et procède à l’évaluation pédagogique et scientifique des activités de l’École.

La Commission des Études, le Comité Technique et le Comité d’Hygiène de Sécurité et des Conditions de Travail (CHSCT) exercent des missions spécifiques auprès de l'établissement.

L’ENS a mis en place un comité à l’intégrité scientifique (créé et voté par le Conseil d'Administration de
 l'ENS lors de la séance du 12 décembre 2017- Délibération n°2017-47)  composé de 4 membres.