Jérôme Carcopino est secondé par Georges Bruhat à la direction de l’établissement. De février 1941 à avril 1942, Carcopino, ministre à Vichy, reste le directeur en titre de l’École, cumul sans précédent dans l’histoire de la rue d’Ulm. Mais, dans les faits, Georges Bruhat est chargé de ses fonctions et Jean Bayet devient son adjoint pour les lettres. Lors de la rentrée 1942, Carcopino retrouve la rue d’Ulm avec Bruhat pour adjoint. Cette équipe peut s’appuyer sur Jean Baillou, littéraire de la promotion 1924, qui est secrétaire général de l’École depuis 1936. Plus proche des élèves, Baillou est leur interlocuteur direct, aussi bien pour ceux qui ont regagné l’École que pour les autres, restés en zone sud. Il joue ainsi un rôle décisif dans la préservation de l’unité de la communauté normalienne, mise à mal par les événements.
Stéphane Piobetta, caïman de philosophie suggère à Jérôme Carcopino de démissionner, celui-ci refuse.
Pour échapper au service de travail obligatoire, les 360 élèves des promotions de 1937 à 1943 trouvent des motifs variés : délégations rectorales dans les lycées, postes dans les entreprises ou usines françaises. Ils bénéficient des réseaux de l’École au-delà de la sphère universitaire ainsi que des relations de l’administration et en particulier celles de Jean Baillou, le secrétaire général. D’autres élèves font le choix de quitter l’École pour l’Afrique du nord ou le maquis.