Les épouses de Jean Baillou, secrétaire général, et Georges Bruhat, directeur adjoint sont prises en otage par la Gestapo. Elles sont libérées en échange de leurs maris. Ces derniers sont arrêtés et déportés, G.Bruhat décède au camp de Buchenwald en 1945.
À la fin de la guerre, l’École normale déplore 75 morts parmi les normaliens parmi lesquels les physiciens Henri Abraham, Eugène Bloch et Georges Bruhat, l’historien Marc Bloch, Jean Cavaillès.
Jérôme Carcopino est révoqué de ses fonctions. Stéphane Israël dans son ouvrage Les études et la guerre – les normaliens dans la tourmente (1939-1945) analyse finement la trajectoire des membres de la direction de l’école ainsi que de plusieurs normaliens. Emprisonné à Fresnes en août 1944, Jérôme Carcopino obtient sa libération provisoire en février 1945. En 1951, il est réintégré dans ses fonctions.